San Blas es un verdadero paraíso para los observadores de aves. Cuenta con siete tipos de ecosistemas y 12 rutas de observación de aves que comprenden selvas tropicales, mar y playas, manglares y marismas, esteros y lagunas, bosques de pinos y robles e islas. En un radio de 50 kilómetros, los visitantes pueden ir de un hábitat a otro mediante excursiones en lancha a través de los manglares o en mar abierto, o haciendo senderismo a través de los pueblos de la costa y la montaña. San Blas tiene 250 especies endémicas, el 80 por ciento de la población se compone de aves migratorias de América del Norte. Los entusiastas pueden ver aves como el Martín pescador gigante, el tordo ojo rojo, el benteveo, la garza azulada, la espátula rosada, la ninfa Mexicana, la tórtola de cola larga, el carpintero real, el nictibio jamaicano y el turpial de fuego, entre otros.

Entre los mejores sitios de San Blas para la observación de aves se encuentran:

El Parque Nacional La Tovara: un complejo ecosistema que ofrece canales de agua y manglares en un parque de 647 hectáreas. El agua dulce de las montañas se mezcla con el agua salada y forma un estuario con flora y fauna compuestas de miles de especies. Muchos visitantes lo llaman la Disneylandia de la observación de aves.

La Laguna de Zoquipan: Parte de la Red de Reservas para las Aves Costeras del hemisferio occidental, este sistema lagunar tiene marismas, canales y afloramientos de agua dulce. Es un refugio invernal para las aves migratorias costeras y también el hogar del cocodrilo de río, el jaguar, yaguarundí, ocelote y nutrias de río, entre otros.

Singayta: Esta típica comunidad de la planicie costera del Pacífico hizo famoso a San Blas por la observación de aves. Se compone de estuarios, cuencas y planicies con ecosistemas como selva tropical y manglares.

Tecuitata y Salto del Cora: Estas cascadas se encuentran en una comunidad en la montaña que se dedica a la plantación de café bajo sombra y tiene un paisaje abierto que hace que la actividad de observación de aves sea visible con facilidad.

Isla Isabel: Conocida como las "Galápagos de México", se puede llegar a esta pequeña isla por lancha desde San Blas. Las más de 40,000 aves que habitan este parque nacional no tienen depredadores cercanos que temer, por lo que permiten que los viajeros se les aproximen mucho en sus visitas. Si bien la temporada alta para una visita de observación de aves se extiende de noviembre a abril, hay dos eventos importantes que atraen tanto a los observadores de aves noveles como a los experimentados: Conteo Navideño de Aves en San Blas y Festival Internacional de Aves Migratorias de San Blas.