Hoy ya no es un zoológico, es un Centro de Conservación de Fauna Silvestre, dependiente del Ministerio de Turismo de la Provincia de Corrientes, donde se reciben animales provenientes de los operativos contra el tráfico de fauna silvestre, ejemplares lesionados o que se encuentran en riesgo. Además de ello, desde hace un año atrás el Centro Aguará forma parte de los Proyectos de Reintroducción de Especies en Iberá, dado que en sus instalaciones realizan su cuarentena los Guacamayos Rojos y los Pecaríes de Collar, entre otras especies. Asimismo, el Centro Aguará cumple un rol fundamental en relación a la Educación Ambiental, dado que por sus instalaciones pasan alumnos de todos los niveles educativos y personas en general. "Cada vez que perdemos una especie, rompemos una cadena de la vida que ha evolucionado durante 3.500 millones de años" Jeffrey McNeely.